|
|
Struktura a vlastnosti bakteriálního biofilmu
Mrázová, Kateřina ; Sedláček, Petr (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá studiem základních vlastností buněk biofilmu PHA produkujících bakterií, konkrétně Burkholderia cepacia a Burkholderia sacchari. Pro porovnání jednotlivých typů buněk byly provedeny dva typy kultivací: jednak byly buňky kultivovány ve speciálním bioreaktoru, čímž byla připravena kultura obsahující jak volné planktonické, tak přisedlé biofilmové buňky, a pro porovnání pak byla provedena kultivace na Petriho miskách. V praktické části byla stanovována afinita jednotlivých typů buněk k hydrofobní fázi pomocí metody BATH, kdy bylo zjištěno, že přisedlé buňky ať biofilmové z bioreaktoru či odebrané z Petriho misek, převážně ochotněji přecházejí do hydrofobní fáze než volné planktonické buňky. Dále byla pomocí dynamického rozptylu světla (DLS) stanovována velikost jednotlivých typů buněk a také jejich Zeta potenciál. Pro studované vzorky bylo zjištěno, že buňky ve vzorcích mají tendenci agregovat a rozdíl ve velikostech obou typů buněk se projevuje pouze pro biofilm bakterie Burkholderia cepacia. V neposlední řadě byl sledován vliv přítomnosti jednotlivých typů bakteriálních buněk na povrchové napětí vody a také rozdílné množství PHA kumulovaného v jednotlivých typech buněk.
|
|
|
Adsorption of microbial cells on model biological surfaces
Mikušová, Janka ; Krouská, Jitka (oponent) ; Sedláček, Petr (vedoucí práce)
The aim of this bachelor thesis is creating sorption surface suitable for studying adsorption bacterial strain Lactobacillus rhamnosus, as representative probiotic bacterial strain. Included in the experimental part of this thesis was the process of creating sorption surface, according to the designed and especially optimized method. Optimization method comprised of preparing sorbent with sorption surface including mucin, on which was the bacterial strain Lactobacillus rhamnosus bound to, using specific interaction. UV-VIS spectrophotometry was utilized in the optimization of the sorption surface preparation for monitoring losses of mucin in solution that happens during the bondation on used substrate. Designed sorption surfaces were subjected to various physical-chemical analyses, which roles were displaying and characterisation of surface and confirming the presence of mucin. One of the major components, in the process of observing and characterization of changes in surface structure of the sorption surface, was infrared spectroscopy with Fourier transformation. Scanning electron microscopy was used for more detailed observation of the surface structure, created by adhesive interactions, which participate in probiotic bacteria adhesion. Finally, the created surfaces were used in pilot experiment, during which, the kinetics in growing bacterial culture with and without the presence of sorbent using microcalorimetry were observed. Designed sorbent appears to be a suitable mediator for detailed characterisation of bacterial adhesion, which is the first step in creating bacterial biofilm.
|
|
|
Polyhydroxyalkanoáty a jejich role ve struktuře bakteriálního biofilmu
Rucká, Markéta ; Samek,, Ota (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá polyhydroxyalkanoáty (PHA) a jejich rolí ve struktuře bakteriálního biofilmu. V teoretické části byla vypracována literární rešerše zabývající se polyhydroxyalkanoáty, bakteriálním biofilmem a jejich vzájemným vztahem. Práce byla zaměřena na rozdíly v produkcí PHA planktonickými a biofilmovými buňkami. Za účelem studie byly použity bakteriální kmeny Burkholderia cepacia a Burkholderia sacchari, které byly kultivovány s využitím CDC biofilmového reaktoru. Pozornost byla věnována kvantitě a zejména formě, v jaké se PHA vyskytují v planktonických a biofilmových buňkách. Výsledky Ramanovy spektroskopie ukázaly, že PHA se v planktonických bakteriálních buňkách vyskytuje výhradně v nativní amorfní formě. Naproti tomu v biofilmu PHA existuje také v částečně krystalické formě. Dále byla testována jednak odolnost planktonických a biofilmových buněk vůči působení různých stresových faktorů, a jednak vliv osmotického stresu na produkci PHA. Na základě výsledků experimentu, kdy byly bakterie vystaveny různým stresovým faktorům (vysoká teplota, nízká teplota, přítomnost detergentu a další), bylo zjištěno, že biofilmové buňky vykazují vyšší stresovou odolnost než buňky planktonické. Vystavení buněk zvýšenému osmotickému tlaku vedlo jednak ke zpomalení buněčného růstu a rozmnožování, ale také k poklesu produkce PHA. Planktonické buňky navíc reagovaly na vnější stimuly značně citlivěji než buňky biofilmové.
|
|
|
Experimentální studium adsorpce bakteriálních buněk na pevné povrchy
Kahanovská, Kristína ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Sedláček, Petr (vedoucí práce)
Kľúčovou náplňou diplomovej práce bola optimalizácia laboratórnych modelových systémov ako inovativného nástroja pre experimentálne štúdium adsorpcie bakteriálnych buniek na pevné povrchy. Pri opise živých biologických systémov je adsorpcia označovaná ako adhézia. Navrhnuté modelové systémy boli overené fyzikálne-chemickými analýzami. Rôznymi technikami boli stanovené vlastnosti použitých baktérií, konkrétne Burkholderia cepacia a Bacillus megaterium. Použité pevné povrchy po sorpcii bakteriálnych buniek Bacillus megaterium boli podrobené štruktúrnej a vizuálnej analýze. Aplikácia teoretického prístupu (napr. použitím rôznych fyzikálno-chemických modelov) k štúdiu adhézie mikroorganizmov na konkrétny povrch nám umožňuje predpovedať podmienky úspešnej adhézie. Výsledky práce slúžia k lepšeniu pochopeniu vzniku a vývoja biofilmu.
|
|
|
Selection of suitable disinfections to prevent the spread of Corynebacterium pseudotuberculosis in farms focused on the production of milk products and meat
Liová, Alexandra ; Pořízka, Jaromír (oponent) ; Marková,, Jiřina (vedoucí práce)
This diploma thesis deals with the selection of suitable disinfectants and their effective concentrations for the prevention of the spread of the causative agent of caseous lymphadenitis in sheep and goat farms with a focus on milk processing, dairy and cheese production or meat production. For these purposes, disinfectants were selected from the group of quaternary ammonium compounds, oxidizing compounds, biguanides and alcohols, which were tested according to the ČSN EN 1656 standard on Corynebacterium pseudotuberculosis isolates forming a biofilm. The theoretical part first deals with the general characterization of the bacterial species Corynebacterium pseudotuberculosis and caseous lymphadenitis. In other chapters, the bacterial biofilm, its formation and the factors that influence it are described. Last but not least, the theoretical part is focused not only on the legislative treatment of the use or testing of disinfectants, but also on the closer characterization of their individual groups. In the experimental part, the procedure for determining the sensitivity of Corynebacterium pseudotuberculosis biofilms to selected disinfectants (benzalkonium chloride, chlorhexidine digluconate, ethanol, iodinated povidone, sodium hypochlorite and peracetic acid) was first optimized according to the ČSN EN 1656 standard. The optimization was followed by the cultivation and formation of biofilms of Corynebacterium pseudotuberculosis and the evaluation of their intensity by spectrophotometric determination of optical density. Subsequently, tested disinfectants were applied to the obtained biofilms, and after 24 hours of incubation from the end of the disinfection process, the effectiveness of the tested disinfectants was visually evaluated. At the end of the research, the minimum bactericidal concentrations for individual disinfectants were determined and the concentrations of these substances suitable for preventing and preventing the spread of the bacterium Corynebacterium pseudotuberculosis in small ruminant farms were also selected.
|
|
|
Hodnocení efektivity vybraných metodických přístupů za účelem disagregace stafylokokové biofilmové biomasy
Nosková, Martina ; Konečná, Klára (vedoucí práce) ; Jílek, Petr (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Studijní obor: Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví Autor: Bc. Martina Nosková Školitel: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. Název diplomové práce: Hodnocení efektivity vybraných metodických přístupů za účelem disagregace stafylokokové biofilmové biomasy Cíl práce: Odhalit vliv vybraných biochemických a fyzikálních vlivů na disagregaci biofilmového společenství tvořeného bakterií Staphylococcus aureus. Pro biochemický přístup byl zvolen enzym proteinasa K, v rámci fyzikálních vlivů byl studován dopad sonikace, třepání s/bez skleněných kuliček. Metody: Stafylokokový biofilm byl formován in vitro, ve dvou metodických uspořádáních - v rámci jamek mikrotitrační destičky a na kolíčcích (analogie Calgary Biofilm Device). Pro hodnocení míry konzistence získaných dat, odrážejících homogenitu odloučených biofilmových biomas byla volena "recovery" metoda a metoda detekce metabolické aktivity pomocí indikátoru Alamar Blue. Pro vyjádření míry účinnosti volených přístupů na celkovou disagregaci biofilmového společenství byla volena metoda kvantifikace biofilmové biomasy barvením krystalovou violetí. Výsledky: V případě biochemického přístupu (enzym proteinasa K) byl prokázán statisticky významný vliv na...
|
|
|
Hodnocení efektivity vybraných metodických přístupů za účelem disagregace stafylokokové biofilmové biomasy
Nosková, Martina ; Konečná, Klára (vedoucí práce) ; Jílek, Petr (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Studijní obor: Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví Autor: Bc. Martina Nosková Školitel: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. Název diplomové práce: Hodnocení efektivity vybraných metodických přístupů za účelem disagregace stafylokokové biofilmové biomasy Cíl práce: Odhalit vliv vybraných biochemických a fyzikálních vlivů na disagregaci biofilmového společenství tvořeného bakterií Staphylococcus aureus. Pro biochemický přístup byl zvolen enzym proteinasa K, v rámci fyzikálních vlivů byl studován dopad sonikace, třepání s/bez skleněných kuliček. Metody: Stafylokokový biofilm byl formován in vitro, ve dvou metodických uspořádáních - v rámci jamek mikrotitrační destičky a na kolíčcích (analogie Calgary Biofilm Device). Pro hodnocení míry konzistence získaných dat, odrážejících homogenitu odloučených biofilmových biomas byla volena "recovery" metoda a metoda detekce metabolické aktivity pomocí indikátoru Alamar Blue. Pro vyjádření míry účinnosti volených přístupů na celkovou disagregaci biofilmového společenství byla volena metoda kvantifikace biofilmové biomasy barvením krystalovou violetí. Výsledky: V případě biochemického přístupu (enzym proteinasa K) byl prokázán statisticky významný vliv na...
|
|
|
Adsorption of microbial cells on model biological surfaces
Mikušová, Janka ; Krouská, Jitka (oponent) ; Sedláček, Petr (vedoucí práce)
The aim of this bachelor thesis is creating sorption surface suitable for studying adsorption bacterial strain Lactobacillus rhamnosus, as representative probiotic bacterial strain. Included in the experimental part of this thesis was the process of creating sorption surface, according to the designed and especially optimized method. Optimization method comprised of preparing sorbent with sorption surface including mucin, on which was the bacterial strain Lactobacillus rhamnosus bound to, using specific interaction. UV-VIS spectrophotometry was utilized in the optimization of the sorption surface preparation for monitoring losses of mucin in solution that happens during the bondation on used substrate. Designed sorption surfaces were subjected to various physical-chemical analyses, which roles were displaying and characterisation of surface and confirming the presence of mucin. One of the major components, in the process of observing and characterization of changes in surface structure of the sorption surface, was infrared spectroscopy with Fourier transformation. Scanning electron microscopy was used for more detailed observation of the surface structure, created by adhesive interactions, which participate in probiotic bacteria adhesion. Finally, the created surfaces were used in pilot experiment, during which, the kinetics in growing bacterial culture with and without the presence of sorbent using microcalorimetry were observed. Designed sorbent appears to be a suitable mediator for detailed characterisation of bacterial adhesion, which is the first step in creating bacterial biofilm.
|
|
|
Experimentální studium adsorpce bakteriálních buněk na pevné povrchy
Kahanovská, Kristína ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Sedláček, Petr (vedoucí práce)
Kľúčovou náplňou diplomovej práce bola optimalizácia laboratórnych modelových systémov ako inovativného nástroja pre experimentálne štúdium adsorpcie bakteriálnych buniek na pevné povrchy. Pri opise živých biologických systémov je adsorpcia označovaná ako adhézia. Navrhnuté modelové systémy boli overené fyzikálne-chemickými analýzami. Rôznymi technikami boli stanovené vlastnosti použitých baktérií, konkrétne Burkholderia cepacia a Bacillus megaterium. Použité pevné povrchy po sorpcii bakteriálnych buniek Bacillus megaterium boli podrobené štruktúrnej a vizuálnej analýze. Aplikácia teoretického prístupu (napr. použitím rôznych fyzikálno-chemických modelov) k štúdiu adhézie mikroorganizmov na konkrétny povrch nám umožňuje predpovedať podmienky úspešnej adhézie. Výsledky práce slúžia k lepšeniu pochopeniu vzniku a vývoja biofilmu.
|
|
|
Struktura a vlastnosti bakteriálního biofilmu
Mrázová, Kateřina ; Sedláček, Petr (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá studiem základních vlastností buněk biofilmu PHA produkujících bakterií, konkrétně Burkholderia cepacia a Burkholderia sacchari. Pro porovnání jednotlivých typů buněk byly provedeny dva typy kultivací: jednak byly buňky kultivovány ve speciálním bioreaktoru, čímž byla připravena kultura obsahující jak volné planktonické, tak přisedlé biofilmové buňky, a pro porovnání pak byla provedena kultivace na Petriho miskách. V praktické části byla stanovována afinita jednotlivých typů buněk k hydrofobní fázi pomocí metody BATH, kdy bylo zjištěno, že přisedlé buňky ať biofilmové z bioreaktoru či odebrané z Petriho misek, převážně ochotněji přecházejí do hydrofobní fáze než volné planktonické buňky. Dále byla pomocí dynamického rozptylu světla (DLS) stanovována velikost jednotlivých typů buněk a také jejich Zeta potenciál. Pro studované vzorky bylo zjištěno, že buňky ve vzorcích mají tendenci agregovat a rozdíl ve velikostech obou typů buněk se projevuje pouze pro biofilm bakterie Burkholderia cepacia. V neposlední řadě byl sledován vliv přítomnosti jednotlivých typů bakteriálních buněk na povrchové napětí vody a také rozdílné množství PHA kumulovaného v jednotlivých typech buněk.
|
host ::
RSS.